Zootopia’nın alışılmış düzenini altüst eden gizemli bir olayla başlıyor. Cesur tavşan polis Judy Hopps ile kurnaz ortağı Nick Wilde, artık resmen aynı rozetin altında görev yapmaktadır. Ancak geçmişteki başarıları, birlikte çalışmanın getirdiği çatışmaları gölgeleyemez. Farklı karakterleri, ikiliyi hem işte hem de özel hayatlarında zorlamaya başlar. Artan anlaşmazlıklar nedeniyle Polis Şefi Bogo tarafından zorunlu bir uyum programına alınan Judy ve Nick, tam da bu süreçte şehirde paniğe yol açan beklenmedik bir tehditle karşı karşıya kalır. Uzun yıllar sonra Zootopia’da görülen zehirli yılan Gary De’Snake, söylentiler ve korkularla birlikte kaosu tetikler. Olayın ardındaki gerçeği ortaya çıkarmaya kararlı olan ikili, şehrin herkesin bildiği güvenli bölgelerinin dışına çıkarak Zootopia’nın karanlık ve bilinmeyen yüzüyle tanışır. Tehlikeli bir gizli göreve dönüşen bu macera, Judy ve Nick’in yalnızca suçla değil, birbirlerine duydukları güvenle de yüzleşmelerini sağlar.